Jiraiya mengalami kesulitan menggunakan Mode Sage, karena ia sedikit berubah menjadi katak setiap kali ia menggunakan mode ini. Ini melibatkan hidung dan mata (walaupun mata dapat dikecualikan karena sebagai Fukasaku mengatakan "mata kodok" selalu hadir dalam Mode Sage menjadi tanda dari Sage benar) berubah untuk penampilan yang lebih mirip kodok. Juga, tumbuh jenggot seperti Fukasaku dan jari-jarinya seperti jari kaki kodok . Untuk menggunakan Mode Sage dalam pertempuran, Jiraiya bergantung pada Fukasaku dan Shima untuk berbagi mengumpulkan energi alam
Pada titik tertentu setelah terintegrasi DNA Orochimaru ke dalam diri Kabuto Yakushi, ia pergi ke Sage Ular Putih . Di bawah pengawasan, ia belajar senjutsu yang memungkinkan dia untuk menggunakan Mode Sage. Sementara di Sage Mode, dia mendapatkan pigmen gelap di sekitar matanya yang mirip dengan ular, serta empat tanduk. Indranya juga secara dramatis meningkat, sampai-sampai bisa menghindari panah dari Susanoo Sasuke