Karena kemampuannya yang seringkali sangat hebat, para pemimpin negara seringkali berusaha memanfaatkan kekuatan Kekkei Genkai ini, atau berusaha mencuri kemampuan itu dari para pemiliknya, ataupun jenazah mereka. Tapi di sisi lain, Kekkei Genkai akhirnya seringkali dianalogikan dengan perang dan bencana, yang pada akhirnya membuat orang lain takut kepada para pemiliknya hingga pada beberapa peristiwa berakhir dengan pemusnahan kelompok itu.
Dengan kata lain, Kekkai Genkai adalah karakter bawaan, teknik atau jutsu yang diwariskan dari generasi ke generasi, biasanya oleh klan. Sedikit ninja yang mempunyai kemampuan ini dan biasanya hanya ninja yang mempunyai talenta dan kekuatan yang tinggi saja yang bisa menggunakannya. Kekkai Genkai bisa menambah kekuatan fisik, kecepatan, stamina atau tipe serangan.
Kekkai Genkai juga bisa dilakukan dengan menggabungkan 2 elemen dasar, seperti Youton, Ranton dll
jika menggabungkan 3 elemen dasar disebut Kekkai Touta, contoh Jinton oleh Oonoki dan Muu